En el planeta Zi, los humanos utilizan enormes máquinas de combate llamadas Zoids. Las tensiones entre la República de Helic y el Imperio de Guylos amenazan con desencadenar una nueva guerra, mientras antiguas tecnologías vuelven a salir a la luz. En medio de este conflicto, el joven piloto **Bang** encuentra a un misterioso organoide llamado **Sieg** y a una chica llamada **Fine**, quien ha perdido sus recuerdos. Junto a ellos emprende un viaje para descubrir el pasado de Fine y el secreto de los Zoids. En el camino, conocerán nuevos amigos y terminarán involucrados en los acontecimientos que amenazan con sumir nuevamente a Zi en la guerra.
